Почему ж — это ž? Буквы č, š, ž — это устоявшиеся обозначения звуков [ч], [ш], [ж] в славянских языках с латинским алфавитом, таких как чешский, словацкий и словенский. Диакритический знак над этими согласными указывает на их родство с согласными без диакритики, которое можно заметить в таких формах, как улица — уличный (c/č), писать — пишу (s/š), возить — вожу (z/ž).

Почему -дё- — это не -dyo-, -djo- или -dio-? Эти варианты неоднозначны: они могут так же правомерно читаться как -дьё-, -дъё- или -дио- (а для -dyo- к этим вариантам прочтения добавляется -дыо-). Транслитерация -d́o- может выглядеть на первый взгляд непривычно, но она однозначна и является продолжением правила, по которому мягкость согласной передаётся надстрочным знаком в других позициях (как в польском слове koń). И даже в прочтении без учёта маркера мягкости над согласной (например, не носителем русского языка) эта транслитерация ближе к исходному звучанию, чем другие варианты.

Почему ц — это не ts? В славянских языках с латинским алфавитом, таких как чешский, словацкий, польский, звук [ц] передаётся только буквой c. Например, улица и центральный по-польски — это ulica и centralny, в русской транслитерации — ulica и centralný (не ulitsa и tsentralnyy).

Почему j, а не y? Звук [й] во всех славянских языках с латинским алфавитом передаётся только буквой j. Латинская буква y в славянских языках передаёт звук [ы] (или близкий к нему непалатализирующий звук [и], как в современном чешском и словацком).

Почему ё передаётся латинской буквой o? Буква ё в русском языке передаёт звук [о], это определяет способ её транслитерации. Транслитерация буквы ё как е приводит к форме, далёкой от исходного звучания. Несмотря на графическое сходство, буквы е и ё передают несходные звуки ([э] и [о]). В однокоренных словах (как желтеть и жёлтый) чередование этих звуков сродни перегласовке в немецком языке, известной как умлаут, которая тоже передаётся диерезисом, т.е. двумя точками над буквой (в немецком языке обязательными: warm → wärmer).