Почему -ля- — это не -lya-, -lja- или -lia-? Эти варианты неоднозначны: они могут так же правомерно читаться как -лья-, -лъя- или -лиа- (а для -lya- к этим вариантам прочтения добавляется -лыа-). Транслитерация -ĺa- может выглядеть на первый взгляд непривычно, но она однозначна и является продолжением правила, по которому мягкость согласной передаётся надстрочным знаком в других позициях (как в польском слове koń). В прочтении даже без учёта маркера мягкости над согласной (например, не носителем русского языка) эта транслитерация ближе к исходному звучанию, чем другие варианты.

Почему j, а не y? Звук [й] во всех славянских языках с латинским алфавитом передаётся только буквой j. Латинская буква y в славянских языках передаёт звук [ы] (или близкий к [ы] непалатализирующий звук [и], как в современном чешском и словацком).