Почему ш — это š? Буквы č, š, ž — это устоявшиеся обозначения звуков [ч], [ш], [ж] в славянских языках с латинским алфавитом, таких как чешский, словацкий и словенский. Диакритический знак над этими согласными указывает на их родство с согласными без диакритики, которое можно заметить в русском языке в таких формах, как улица — уличный (c/č), писать — пишу (s/š), возить — вожу (z/ž).

Почему ы — это y? В славянских языках с латинским алфавитом, таких как польский, в прошлом также в чешском и словацком, звук [ы] передаётся только буквой y. Например, дым по-польски — dym, в русской транслитерации так же — dym.

Почему ё передаётся латинской буквой o? Буква ё в русском языке передаёт звук [о], это определяет способ её транслитерации. Транслитерация буквы ё как е приводит к форме, далёкой от исходного звучания. Несмотря на графическое сходство, буквы е и ё передают несходные звуки ([э] и [о]). В однокоренных словах (как желтеть и жёлтый) чередование этих звуков сродни перегласовке в немецком языке, известной как умлаут, которая тоже передаётся диерезисом, т.е. двумя точками над буквой (в немецком языке обязательными: warm → wärmer).

Почему ий и ый — это í и ý? В чешском и словацком языках í и ý — это долгие гласные, они часто соответствуют русским ий и ый в окончаниях прилагательных (правый по-чешски — pravý, так же и по-русски на транслите). В контексте русского языка буквы í и ý можно рассматривать как более удобную форму сочетаний ij и yj, в которых j в скорописном начертании перешёл в надстрочный знак, аналогично тому, как старочешский дифтонг uo стал обозначаться буквой ů.

Как не перепутать í и ý с ударными гласными? Для ударения стоит использовать подчёркивание, для этой цели оно подходит даже лучше, чем акут ◌́: им можно объединить несколько букв, представляющих один звук (Toulouse); в разметке подчёркивание оформляется отдельным тегом и не добавляет специальных символов в исходный текст; при этом оно столь же однозначно считывается как требующее акцента.