Почему -ря- — это не -rya-, -rja- или -ria-? Эти варианты неоднозначны: они могут так же правомерно читаться как -рья-, -ръя- или -риа- (а для -rya- к этим вариантам прочтения добавляется -рыа-). Транслитерация -ŕa- может выглядеть на первый взгляд непривычно, но она однозначна и является продолжением правила, по которому мягкость согласной передаётся надстрочным знаком в других позициях (как в польском слове koń). В прочтении даже без учёта маркера мягкости над согласной (например, не носителем русского языка) эта транслитерация ближе к исходному звучанию, чем другие варианты.

Почему ц — это не ts? В славянских языках с латинским алфавитом, таких как чешский, словацкий, польский, звук [ц] передаётся только буквой c. Например, улица и центральный по-польски — это ulica и centralny, в русской транслитерации — ulica и centralný (не ulitsa и tsentralnyy).