Почему j, а не y? Звук [й] во всех славянских языках с латинским алфавитом передаётся только буквой j. Латинская буква y в славянских языках передаёт звук [ы] (или близкий к [ы] непалатализирующий звук [и], как в современном чешском и словацком).

Почему ий и ый — это í и ý? В чешском и словацком языках í и ý — это долгие гласные, они часто соответствуют русским ий и ый в окончаниях прилагательных (правый по-чешски — pravý, так же и по-русски на транслите). В контексте русского языка буквы í и ý можно рассматривать как более удобную форму сочетаний ij и yj, в которых j в скорописном начертании перешёл в надстрочный знак, аналогично тому, как старочешский дифтонг uo стал обозначаться буквой ů.

Как не перепутать í и ý с ударными гласными? Для ударения стоит использовать подчёркивание, для этой цели оно подходит даже лучше, чем акут ◌́: им можно объединить несколько букв, представляющих один звук (Toulouse); в разметке подчёркивание оформляется отдельным тегом и не добавляет специальных символов в исходный текст; при этом оно столь же однозначно считывается как требующее акцента.